為了使得二手液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀正常工作，必須要組成高真空系統(tǒng)的真空室。儀器使用了高性能的渦輪分子泵與前級(jí)真空泵，構(gòu)成兩級(jí)真空機(jī)組以確保所需的真空。被分析樣品經(jīng)毛細(xì)管柱分離，進(jìn)入離子源。采用電子電力標(biāo)準(zhǔn)配置，產(chǎn)生正離子，在推斥、聚焦、引出電極的作用下將正離子送入四極桿系統(tǒng)。四極桿在高頻電壓與正負(fù)電壓聯(lián)合作用下形成高頻電場(chǎng)，在掃描電壓作用下，只有符合四極場(chǎng)運(yùn)動(dòng)方程的離子才能通過(guò)四極桿對(duì)稱中心到達(dá)離子檢測(cè)器，再經(jīng)離子流放大器放大，產(chǎn)生質(zhì)譜信號(hào)。得到了質(zhì)譜圖，通過(guò)解釋譜圖或進(jìn)行譜庫(kù)檢索以識(shí)別未知樣品的組成。
　　在分析儀器中，色譜儀器具有重要地位。由于二手液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀的色譜柱具有高效的分離能力，把物質(zhì)按保留時(shí)間大小進(jìn)行分離，然后通過(guò)與標(biāo)樣保留時(shí)間進(jìn)行對(duì)比的方法確定物質(zhì)性質(zhì)，因此對(duì)未知樣品很難定性分析。而質(zhì)譜儀是直接測(cè)定物質(zhì)的質(zhì)量數(shù)與電荷的比值，在定性分析方面既準(zhǔn)確又快速。把色譜與質(zhì)譜聯(lián)合起來(lái)使用，實(shí)際上是把質(zhì)譜儀作為色譜儀的一個(gè)通用檢測(cè)器來(lái)使用。該儀器主要有以下兩個(gè)系統(tǒng)組成。
　　色譜柱系統(tǒng)：包括精確控溫的柱加熱箱、色譜柱，以及與進(jìn)樣口和檢測(cè)器的接頭，其中，色譜柱本身的性能是分離成敗的關(guān)鍵。
　　色譜柱的類型和比較：儀器的心臟是色譜柱，通常由玻璃、石英或不銹鋼制成的圓管，管內(nèi)裝有固定相。根據(jù)分離機(jī)理可以將色譜柱分為氣液色譜柱和氣固色譜柱。前者柱內(nèi)裝有固體吸附劑，后者則裝有表面涂敷了固定液的固體顆粒，或者柱內(nèi)表面涂敷有固定液。
　　檢測(cè)系統(tǒng)：用各種檢測(cè)器監(jiān)測(cè)色譜柱的流出物，并將檢測(cè)到的信號(hào)轉(zhuǎn)換為可被記錄儀處理的電壓信號(hào)，或者由計(jì)算機(jī)處理的數(shù)字信號(hào)。常見(jiàn)的有熱導(dǎo)檢測(cè)器（TCD）、火焰離子化檢測(cè)器（FID）、氮磷檢測(cè)器（NPD）、電子俘獲檢測(cè)器（ECD）、火焰光度檢測(cè)器（FPD）、質(zhì)譜檢測(cè)器（MSD）、原子發(fā)射光譜檢測(cè)器（AED）等。